Quello che generalmente è chiamato il "Terzo Segreto" è, in verità, la terza e ultima parte del Segreto profetico completo che la Beata Vergine consegnò ai tre fanciulli veggenti il 13 luglio 1917. Le altre due sezioni del Segreto (la visione dell'inferno e la nascita della Russia comunista) furono rivelate pubblicamente con la pubblicazione, negli anni quaranta, delle Memorie di Suor Lucia, mentre la parte finale della rivelazione resta in possesso del Vaticano e non è stata ancora svelata al mondo.
Fu per ordine diretto del suo Vescovo e con l'assistenza di Nostra Signora che Suor Lucia dos
Santos scrisse la terza parte del Segreto il 2 gennaio 1944. Parlando con Suor Lucia, la Signora
del Cielo le disse che era la Volontà di Dio a permettere che il Segreto venisse messo per iscritto e
affidato al suo Vescovo e, per mezzo di lui, a Papa Pio XII. Nello stesso tempo, la Santa Vergine
indicava anche che questa parte del Segreto doveva essere rivelata ai Fedeli non più tardi del
1960.Avendo appreso che il suo Vescovo non voleva aprire la busta contenente il Segreto, Suor Lucia
"gli fece promettere" secondo le parole del Canonico Galamba "che il Terzo Segreto sarebbe stato
aperto e rivelato al mondo dopo la di lei morte o nel 1960, qualsiasi cosa fosse avvenuta prima.
"Se il suo Vescovo fosse morto prima, l'accordo era che il Segreto sarebbe stato confidato al
Cardinale Patriarca di Lisbona. Malgrado l'accordo, il Segreto fu, di fatto, consegnato al Vaticano
dove rimase celato al pubblico per più di cinquant'anni."Pericoli che minacciano la fede e la vita di un Cristiano...... e di conseguenza il mondo"Quando, nel 1960, dopo aver letto il Segreto, Papa Giovanni XXIII decise di non renderne pubblico il contenuto, crebbero le speculazioni riguardanti il suo contenuto. Mentre in passato il Segreto veniva spesso identificato con ogni sorta di cataclismi e disastri, più recentemente gli studiosi hanno pensato che è molto più probabile che riguardi il caos universale, la confusione e la perdita della Fede che negli ultimi tre decenni e mezzo tengono avvinta la Chiesa Cattolica Romana.
In un'intervista del novembre 1984, il Cardinale Ratzinger (del Sant'Uffizio) ha confermato di aver
letto il Segreto con il permesso del Papa, e che esso riguarda, secondo le sue parole "un radicale
richiamo alla conversione, l'assoluta gravità della storia, i pericoli che minacciano la Fede e la vita
di un Cristiano, e quindi del mondo. E anche gli ultimi tempi sono importanti". Il Cardinale spiegò
anche che "se il Segreto non è stato reso pubblico ... ciò è avvenuto per evitare di confondere una
profezia religiosa con il sensazionalismo. Ma quanto contenuto nel Terzo Segreto corrisponde a
ciò che è stato annunciato nelle Scritture ed è confermato da molte altre apparizioni Mariane".Mentre l'esatto messaggio del Segreto rimane sconosciuto al pubblico, i lavori di studiosi così
famosi come Padre Joachim Alonso (già archivista ufficiale di Fatima) e di Frère Michel de la
Sainte Trinité è stato nondimeno considerato di intestimabile valore per i suoi significati e
contenuti. Il monumentale lavoro (850 pagine) di quest'ultimo, "The Third Secret", sotto questo
aspetto è particolarmente notevole.
"Il demonio è riuscito a portare il male (nella Chiesa) sotto forma di bene e i ciechi stanno cominciando a guidare gli altri".
Nel suo libro, Frère Michel riporta che, interrogata sul Segreto, Suor Lucia disse: "E' contenuto
nel Vangelo e nell'Apocalisse, leggeteli!". Egli fa notare che essa aveva poi indicato in modo
particolare i Capitoli dall'VIII al XIII dell'Apocalisse (il capitolo XIII riguarda in particolare
l'avvento dell'Anticristo). Nel suo studio sul Terzo Segreto, Frère Michel costruisce una potente e
ammirevole ipotesi, e cioè che il Terzo Segreto è un grave avvertimento di apostasia all'interno
della Fede Cattolica e una seria e formale accusa a coloro che nella gerarchia ecclesiastica hanno
favorito il dissenso ed eresie dichiarate.
Benché non fosse permesso a Suor Lucia di rivelare il Segreto finale di Nostra Signora fino a che
il Santo Padre non ritenesse opportuno il momento, nessuno le ha impedito di dare come
individuo la sua opinione sulla crisi della Chiesa. In una serie di lettere scritte fra il 1969 e il 1972,
Suor Lucia ha vigorosamente reagito contro i modernisti e contro altri nella Chiesa, in particolare
contro coloro che cercano di minimizzare l'importanza del Rosario. "Questo disorientamento è
diabolico" scrisse ed "è triste che tanta gente si lasci dominare dall'ondata diabolica che investe
tutto il mondo! Ed essi sono così ciechi da essere incapaci di vedere il loro errore! La loro colpa
principale è di aver abbandonato la preghiera". La cosa più triste, secondo Suor Lucia, è che così
tanti preti, religiosi e vescovi vengano travolti dalla confusione. "Il demonio riuscirà a portare il
male (nella Chiesa) sotto forma di bene e i ciechi stanno cominciando a guidare gli altri, come ci
disse il Signore nel Suo Vangelo". Concludendo il suo studio sul Terzo Segreto, Frère Michel ha
riassunto così le sue scoperte:
"Alla fine della nostra inchiesta, siamo in grado di discernere, quasi con certezza, gli elementi essenziali del Segreto finale di Nostra Signora: mentre 'in Portogallo il dogma della Fede sarà sempre custodito', in molte nazioni, forse quasi in tutto il mondo, la Fede andrà perduta. I pastori della Chiesa falliranno gravemente nei doveri del loro ufficio. Per loro colpa, un gran numero di anime consacrate e di Fedeli verrà sedotto da errori perniciosi diffusi ovunque. Sarà questo il momento della battaglia decisiva fra la Beata Vergine e il demonio. Un'ondata di diabolico disorientamento verrà scagliata sul mondo. Satana stesso si introdurrà persino nel più alto vertice della Chiesa. Egli accecherà le menti e indurirà i cuori dei pastori. E Dio li abbandonerà a se stessi punendoli per il loro rifiuto di obbedire alle richieste dell'Immacolato Cuore di Maria. Ciò sarà la grande apostasia predetta per gli 'ultimi tempi'; 'il Falso Agnello' e il 'Falso Profeta' tradiranno la Chiesa a profitto della 'Bestia', secondo la profezia dell'Apocalisse".